南京住房公积金管理中心于2003年7月成立，直属于南京市人民政府，不以营利为目的的独立的正局级事业单位。中心机关设办公室、归集管理处、贷款管理处、资金计划处、信息管理处、财务处、审计处等7个处室，下设江苏省省级机关、南京铁路2个住房公积金管理分中心，江苏省监狱管理局、华东石油管理局及江宁、浦口、六合、溧水、高淳等7个住房公积金管理部。中心现有编制83人。
中心成立以来，在南京市委、市政府的领导下，严格按照国务院《住房公积金管理条例》关于“管理委员会决策、管理中心运作、银行专户存储、财政监督”的原则，坚持科学发展观，弘扬张?精神，加快融入大局，认真履行本职，创新发展思路，强化住房保障，充分发挥了住房公积金制度的优越性，取得较好的社会和经济效益。到2011年3月底，南京地区已有20800多个单位、157万多人参加了住房公积金制度，累计归集住房公积金683.28亿元，当前余额338.38亿元；累计提取住房公积金334.90亿元；累计发放住房公积金贷款517.84亿元，支持29万多户家庭购房；累计为廉租房建设提供资金7.35亿元，有力地支持了城市住房保障。业务管理、内部管理制度健全，管理规范。没有被挤占挪用资金，资金安全无风险。住建部、国家审计署等对南京住房公积金管理工作充分肯定。
中心被南京市委、市政府评为2004—2005年度市级文明单位，被江苏省建设厅评为全省住房公积金管理工作先进单位（2004—2007年连续4年），2005—2006年度全省建设系统精神文明建设先进单位，被江苏省委、省政府评为2007—2009年度全省文明单位标兵。2007年度被建设部评为全国建设系统精神文明先进单位，2008年度被中央文明办评为全国精神文明建设工作先进单位。树立了全国建设系统先进典型张?同志。
